- медаль 850-летия Москвы,

- золотая и серебряная медаль памяти митрополита Московского и Коломенского митрополита Макария (Булгакова) «за выдающийся вклад в развитие отечественной исторической науки» Московской патриархии,

- Почетная грамота Института российской истории Российской академии наук «за большой вклад в развитие отечественной исторической науки и в связи с 80-летием института» (2016 г.).

- «Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации».

- Монография Е.Б.Емченко «Стоглав. Исследование и текст» была удостоена 1-й премии памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова), учредителем которой являются мэрия г. Москвы, Российская академия наук и Московская патриархия.

- медаль Министерства высшего образования и науки «За безупречный труд и отличие».